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バイオインフォマティクス演習 I:生命情報を自在に解析するための計算機実習

バイオインフォマティクス演習 I:生命情報を自在に解析するための計算機実習(領域別コース:Bio x IT コース(産総研・早大連携))

本科目の対象は早稲田大学の学生のみです。
コースナビを通じて、科目履修期間中に科目登録を行うことが必須であり、定員を設けているため定員オーバーの場合は選抜されます。
本科目は後期の科目登録となります。

■授業概要:

膨大な生命情報データの集積を基にその解析手法を開発、応用する学問(バイオインフォマティクス)を理解するため、本演習では主要な生命情報データベースを利用しながら、遺伝子機能解析、タンパク質の構造・機能解析、遺伝子発現、ネットワーク解析等の基礎手法を取り扱う。 授業内では座学による知識の確認・考え方を学び、実習では実際にRなどのプログラミング言語などを用いた実際の生命情報データの解析を行う。尚、本授業は同時期に開講される「生物統計学」と連携しており、先にバイオインフォマティクスの基礎に触れる「生物統計学」を受講しておくことが望ましい。また、本授業を受講するものは、生命医科学科の「生命科学概論B」または相当の講義を履修済みであること。

■授業の到達目標:

分子生物学におけるデータ解析の基礎的な手法の習得を目標として、統計解析の基礎理論と汎用ツールによる基本的な統計解析、核酸配列の解析、タンパク質構造の解析を行う。

■担当教員:竹山 春子/富永 大介/森 一樹/由良 敬
■授業日程:
日時 タイトル 担当教員
第1回 11月22日 4限 【イントロダクション】
 本講義の目的と概要
竹山 春子
第2回 11月29日 3限 【分子生物学における情報解析1】
 分子生物学研究における統計解析ツールの利用について
富永 大介
第3回 11月29日 4限 【分子生物学における情報解析2】
 統計解析ツールの基本的な利用法
富永 大介
第4回 12月6日 3限 【統計解析ツールの基礎 1-1】
 分子生物学研究における基本的な統計解析と検定について
富永 大介
第5回 12月6日 4限 【統計解析ツールの基礎 1-2】
 統計ツールによる統計解析と検定
富永 大介
第6回 12月13日 3限 【統計解析ツールの基礎 2-1】
 分子生物学研究における多変量解析などの統計解析と検定について
富永 大介
第7回 12月13日 4限 【統計解析ツールの基礎 2-2】
 統計ツールによる多変量解析などの統計解析と検定
富永 大介
第8回 12月20日 3限 【 核酸配列の基礎解析 1-1】
 核酸配列解析について
森 一樹
第9回 12月20日 4限 【核酸配列の基礎解析 1-2】
 ツールを用いた基礎的な核酸配列検索
森 一樹
第10回 1月10日 3限 【核酸配列の基礎解析 2-1】
 核酸配列の基礎的な解析法について
森 一樹
第11回 1月10日 4限 【核酸配列の基礎解析 2-2】
 ツールを用いた核酸配列の基礎的な解析
森 一樹
第12回 1月17日 3限 【構造バイオインフォマティクス:タンパク質動力学シミュレーションの基礎】
 タンパク質・分子動力学の基礎・分子間相互作用のシミュレーション
由良 敬
第13回 1月17日 4限 【構造バイオインフォマティクス:タンパク質の動的構造シミュレーション演習(GROMACS)】
 GROMACSを用いた分子動力学計算の実行
由良 敬
第14回 1月24日 3限 【構造バイオインフォマティクス:タンパク質の動的構造シミュレーション結果の解析】
 R・PyMolを用いた分子動力学計算の可視化
由良 敬
第15回 1月24日 4限 【構造バイオインフォマティクス:タンパク質の動的構造シミュレーション結果の検討・考察】
 R・PyMolを用いた分子動力学計算結果の解析
由良 敬
■シラバス:

https://www.wsl.waseda.jp/syllabus/JAA104.php?pKey=2805023001012018280502300128&pLng=jp

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